1つの提出単位に1つのXMLファイルごとの提出となっているため、複数のXMLファイルを読込むと提出不可となります。

お手数ですが、1つの提出単位で1つのXMLファイル読込みを行ない、提出される際は書類サブタイトルで書類の関連付けを行なう等で対応してください。