スマートカードの表示については他の電子証明書情報がPCに残存している場合に表示される傾向にあります。
FAQ:728　「他の証明書情報がブラウザに残存していませんか」を参考に、他の証明書情報の有無を確認し、不要な証明書情報がある場合は削除を行ってください。